2024年5月16日，深交所公布了关于神农科技的年报问询函。神农科技2023年度报告显示公司营业收入同比下降12.51%，而玉米种子业务毛利率为6.66%，同比下降18.65个百分点，同时公司2021年至2023年扣除非经常性损益的净利润连续为负。
深交所要求神农科技详细解释其营业收入下滑的原因，以及针对杂交水稻种子和玉米种子的销售情况，并对业务是否具有季节性特征做出说明。同时，要求公司分析玉米种子毛利率下滑的原因是否与行业趋势相符，对扣非后归母净利润连续为负的原因做出分析，并说明公司持续经营能力是否存在重大不确定性。
公告还显示，神农科技2023年向前五大供应商的合计采购额度大幅下降，应收账款中有30.18%的账龄已经超过三年。深交所要求神农科技解释这些问题，分析应收账款的规模与营业收入的匹配性，是否存在放宽信用政策以提前确认收入的情况。
另外，神农科技的子公司湖南神农大丰自2017年以来连续亏损，联营企业波莲科技自2021年以来也持续亏损，深交所对此要求公司进行解释，明确其改善盈利能力的具体措施。
最后，神农科技应对前五大客户和供应商的变动，以及暂时闲置的固定资产等问题进行详细说明。深交所要求神农科技于2024年5月30日前提供书面说明，并公开披露相关材料。